Subašić đã ra mắt ở U21 Croatia, trong một trận đấu giao hữu với U21 Đan Mạch ngày 1 tháng năm 2006. Trong cùng năm đó, anh đá tổng cộng 6 trận quốc tế cùng với các đồng đội, bao gồm cả hai lần xuất hiện trong vòng loại U21 Châu Âu năm 2007.[11]

Vào năm 2009, anh được gọi lên tuyển quốc gia Croatia, bắt chính lần đầu cho đội tuyển vào ngày 14 tháng năm 2009 trong một trận đấu giao hữu với Liechtenstein ở Vinkovci, chơi 90 phút và giữ sạch lướt Croatia với chiến thắng 5-0.[12] Trong Tháng năm 2010, anh thắng thêm 2 trận giao hữu quốc tế gặp Áo và Estonia trên sân khách, giữ sạch lướt ở cả hai trận đấu.[13][14] Sau khi Stipe Pletikosa nghỉ hưu khỏi bóng đá quốc tế vào năm 2014, Subašić trở thành lựa chọn thủ môn số một của Croatia.[15]

Euro 2016

Tháng năm 2016, Subašić là chọn lựa của Croatia cho đội hình chín thức thi đấu Euro 2016 ở Pháp.[16] Subašić chơi cho tất cả các trận đấu bảng của Croatia,[17][18][19] đặc biệt chơi một vai trò quan trọng trong trận Croatia thắng Tây Ban Nha 2-1; cứu thua một cú penalty từ Ramos, đánh dấu thất bại đầu tiên của Tây Ban Nha tại một trận đấu Euro kể từ năm 2004.[20][21]

World Cup 2018

Trong tháng 5 năm 2018, anh được gọi tên trong đội hình 23 người của Croatia choWorld Cup 2018 ở Nga.[22] Subašić đóng một vai trò cốt yếu của Croatia trận đấu với ĐT Đan Mạch trong vòng mười sáu, khi anh đã cản phá ba quả penalty trong loạt đá luân lưu; và đó cũng bằng số lần cứu thua của bởi Ricardo kể từ World Cup 2006. Tuy với màn trình diễn như thế, anh không giành được danh hiệu Cầu thủ của trận (Man of the Match), mà lại được dành cho đối thủ của mình là Kasper Schmeichel.[23][24][25]

Vào ngày 7 tháng Bảy, trong trận tứ kết đấu đối đầu ĐT Nga, Subašić bị chấn thương nhỏ trong vài phút cuối của trận đấu, nhưng bất chấp điều này, Subašić vẫn tiếp tục chơi trận đấu, thực hiện những pha cứu thua xuất sắc. Trong loạt đá luân lưu, Subašić cản phá quả phạt đền đầu tiên từ Fyodor Smolov; từ đó trở thành thủ môn thứ ba duy nhất trong lịch sử World Cup đã cứu bốn hoặc nhiều hơn số các quả penalty tại vòng loại trực tiếp World Cup; sang bằng các kỉ lục thiết lập bởi hai thủ môn Sergio Goycochea (Argentina) và Harald Schumacher (Đức), và cũng khiến Croatia trở thành đội thứ hai tiến vào vòng trong bằng hai lượt đá luân lưu liên tiếp, sau Argentina năm 1990.[26][27] Đội tuyển Croatia sau đó lọt vào trận chung kết và thua 2-4 trước Pháp, giành vị trí á quân. Sau giải đấu đó, Danijel Subašić kết thúc sự nghiệp thi đấu quốc tế ở đội tuyển quốc gia sau 9 năm gắn bó, tổng cộng anh đã thi đấu 44 trận.